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2. 獲取API密鑰

自2018年12月1日起，NCBI提供了API密鑰，以提供對(duì)電子公用事業(yè)的更高級(jí)別的支持訪問。如果沒有API密鑰，任何站點(diǎn)（IP地址）每秒向E-utilities發(fā)送超過3個(gè)請(qǐng)求將收到錯(cuò)誤消息。通過包含API密鑰，默認(rèn)情況下，站點(diǎn)每秒最多可以發(fā)布10個(gè)請(qǐng)求。更高的價(jià)格可根據(jù)要求提供（vog.hin.mln.ibcn@seitilitue）。用戶現(xiàn)在可以從其NCBI帳戶的設(shè)置頁(yè)面獲取API密鑰（要?jiǎng)?chuàng)建帳戶，請(qǐng)?jiān)L問http://www.ncbi.nlm.nih.gov/account/）。創(chuàng)建密鑰后，用戶應(yīng)通過將其分配給API_key參數(shù)，將其包含在每個(gè)E-utility請(qǐng)求中。

Example request including an API key:

esummary.fcgi?db=pubmed&id=123456&api_key=ABCDE12345



Example error message if rates are exceeded:

{"error":"API rate limit exceeded","count":"11"}

每個(gè)NCBI帳戶只允許一個(gè)API密鑰;但是，用戶可以隨時(shí)請(qǐng)求新密鑰。此類請(qǐng)求將使與該NCBI帳戶相關(guān)聯(lián)的任何現(xiàn)有API密鑰無效。

3. 代碼接入

輸入：文本查詢

匯總輸出：XML文檔摘要

EFetch輸出：記錄的數(shù)據(jù)記錄（例如摘要、FASTA）

use LWP::Simple;



# Download PubMed records that are indexed in MeSH for both asthma and 

# leukotrienes and were also published in 2009.



$db = 'pubmed';

$query = 'asthma[mesh]+AND+leukotrienes[mesh]+AND+2009[pdat]';



#assemble the esearch URL

$base = 'https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/';

$url = $base . "esearch.fcgi?db=$db&term=$query&usehistory=y";



#post the esearch URL

$output = get($url);



#parse WebEnv and QueryKey

$web = $1 if ($output =~ /<WebEnv>(\S+)<\/WebEnv>/);

$key = $1 if ($output =~ /<QueryKey>(\d+)<\/QueryKey>/);



### include this code for ESearch-ESummary

#assemble the esummary URL

$url = $base . "esummary.fcgi?db=$db&query_key=$key&WebEnv=$web";



#post the esummary URL

$docsums = get($url);

print "$docsums";



### include this code for ESearch-EFetch

#assemble the efetch URL

$url = $base . "efetch.fcgi?db=$db&query_key=$key&WebEnv=$web";

$url .= "&rettype=abstract&retmode=text";



#post the efetch URL

$data = get($url);

print "$data";

4. 常見問題

Q：如何找到PubMed API

A：冪簡(jiǎn)集成是國(guó)內(nèi)領(lǐng)先的API集成管理平臺(tái)，專注于為開發(fā)者提供全面、高效、易用的API集成解決方案。冪簡(jiǎn)API平臺(tái)可以通過以下兩種方式找到所需API：通過關(guān)鍵詞搜索API(例如，輸入’PubMed API‘這類品類詞，更容易找到結(jié)果)、或者從API hub分類頁(yè)進(jìn)入尋找。

Q：如何搜索PubMed？
A：

確定搜索的關(guān)鍵概念。
在搜索框中輸入術(shù)語（或關(guān)鍵概念）。
按Enter鍵或單擊搜索。

Q：我檢索了太多引用。如何集中搜索？
A：要限制搜索結(jié)果的數(shù)量：

用更具體的搜索詞替換一般搜索詞（例如，背部疼痛而不是背部疼痛）。
在您的查詢中包含其他術(shù)語。
使用側(cè)邊欄過濾器可以通過發(fā)布日期、全文可用性、文章類型等來限制結(jié)果。

Q：我檢索的引文太少了。如何擴(kuò)大搜索范圍？
A：

在引文的摘要頁(yè)面上，請(qǐng)參閱類似文章部分，以獲得與該文章密切相關(guān)的其他PubMed引文的預(yù)先計(jì)算集。
從搜索框中刪除無關(guān)的或特定的術(shù)語。
嘗試使用替代術(shù)語來描述您正在搜索的概念。

Q：查找特定引文
A：將文章標(biāo)題粘貼到搜索框中，或在搜索框中輸入引文詳細(xì)信息，如作者，期刊名稱和文章發(fā)表的年份，PubMed引文傳感器將自動(dòng)分析您的引文信息查詢，以返回正確的引文。引文傳感器采用了模糊匹配算法，即使搜索包含錯(cuò)誤的術(shù)語，也會(huì)檢索到最佳匹配。不需要使用字段標(biāo)記或布爾運(yùn)算符。

Q：按作者搜索

A：在搜索框中輸入作者的姓氏和首字母（不帶標(biāo)點(diǎn)符號(hào)），然后單擊“搜索”。

如果您只知道作者的姓氏，請(qǐng)使用作者搜索字段標(biāo)記[Au]，例如，布羅迪[Au]。

使用姓氏+首字母格式輸入的姓名（例如，smith ja）或全名格式（john a smith），并且如果在PubMed中存在，則不作為作者和合作者進(jìn)行檢索。

按自然順序或倒序輸入完整的作者姓名，例如，julia s wong或wong julia s。

Q：PubMed API的替代品有哪些？

提供AI大模型API的服務(wù)商除了PubMed API，還有其他替代服務(wù)商也提供類似api服務(wù)，例如：

云數(shù)互聯(lián) API開放平臺(tái)、uniprot API開放平臺(tái)、nudgify API開放平臺(tái)

更多競(jìng)品可以在冪簡(jiǎn)集成開放平臺(tái)中找到。

Q：PubMed API這個(gè)密鑰還適用于哪些api？

為大型數(shù)據(jù)集的每個(gè)成員查找唯一的鏈接記錄集、檢索大型數(shù)據(jù)集

5. 總結(jié)

本文“如何獲取PubMed API開放平臺(tái)訪問密鑰分步指南”為科研工作者與開發(fā)者們提供了一份詳盡、實(shí)用的操作手冊(cè)，全面而清晰地闡述了獲取PubMed API訪問密鑰的全過程。從在PubMed API開放平臺(tái)注冊(cè)賬號(hào)開始，經(jīng)過開發(fā)者身份認(rèn)證，直至最終成功獲取API訪問密鑰，每一步操作都配以詳盡的說明和細(xì)致的指導(dǎo)，確保讀者能夠輕松、準(zhǔn)確地完成整個(gè)流程。

本文還特別強(qiáng)調(diào)了獲取訪問密鑰后，進(jìn)行API可用性測(cè)試的重要性。通過測(cè)試，可以確保PubMed API能夠順利集成到科研應(yīng)用或數(shù)據(jù)分析系統(tǒng)中，并發(fā)揮出最佳效果，這對(duì)于提升科研效率、加速成果轉(zhuǎn)化具有重要意義。這份指南為科研工作者與開發(fā)者們提供了一個(gè)全面、詳盡且實(shí)用的指導(dǎo)，幫助他們順利獲取PubMed API訪問密鑰，并將這一強(qiáng)大的生物醫(yī)學(xué)信息檢索與分析能力有效地集成到應(yīng)用中，從而為生物醫(yī)學(xué)研究與臨床實(shí)踐提供更加精準(zhǔn)、高效的數(shù)據(jù)支持。